一、受理
对来访、检举、控告案，由受理人员立即进行审查，对属于水事违法案件且为本部门管辖的予以受理，不予受理的要告知相对人理由。
二、 立案
对受理的案件由受理人写出处理意见，对需立案查处的，报请主管领导批准后，立案查处，同时指定办案人员负责查处。
三、调查取证
1、调查人员在立案之日起5日内进行调查；
2、对违法事实进行现场调查，制作现场调查笔录；
3、有违法现场的，要进行勘验、制作勘验笔录；
4、需保存证据的，要经主管领导批准；
5、对有证人的需鉴定的，进行询问鉴定；
6、需其他部门协助的，由主管部门开具介绍信。
四、提出处罚意见
调查人员根据所调查的违法事实，依据有关规定，写出《水事违法案件调查报告》，提交水政股。
五、审查
水政股对水事违法案件进行复核，对事实清楚，证据充分、依据正确的，报经主管领导批准；对需补充调查的，由有关人员补充调查，依据不正确，提出整改意见。
六、告知
经主管领导批准同意进行调查的，向当事人及时下发告知书，告知其事实、理由及拟处罚决定。
七、听证
作出对公民处以超过五千元、对法人或者其他组织处以超过五万元罚款的以及吊销许可证等水行政处罚之前，要向其下发《听证告知书》，当事人要求听证的，组织听证。
八、作出处罚决定
根据调查确认的事实、证据，并在充分听取当事人申辩的基础上，草拟处罚决定书，由水政股组织相关人员进行讨论，对确需处罚的，报经主管领导批准，作出正式处罚决定。
九、送达
告知书、听证告知书、处罚决定书，一般应直接送达当事人，确实不能直接送达的，可采用其他合法方式。
十、诉讼
当事人在法定期限内提起诉讼的，按行政诉讼法的规定由局领导委托有关职工、律师出庭应诉。
十一、复议
当事人在法定期限内提出复议的，按行政复议法的规定由主管领导委托有关职工、律师参加复议。
十二、执行
1、对当事人既不复议也不提起诉讼的，由水政股对案件进行复查，并向法院递交强制执行申请书。
2、对经复议或诉讼的，生效后申请法院强制执行。
十三、存档备查
将案件整理成案宗存入档案。

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